El enfoque principal de esta área es transformar la biodiversidad en un factor de desarrollo a través de su aprovechamiento, valoración, uso sostenible y conservación. En esta área se forman capacidades en biotecnología a través del estudio de agentes biológicos: plantas, microorganismos y derivados (enzimas, metabolitos primarios y secundarios y otros), con fines beneficiosos para el desarrollo  de procesos y productos de interés industrial, ambiental o en salud.

En la práctica, en el área de biotecnología se investigan  microorganismos y derivados con importancia para la agricultura, agroindustria, la industria de alimentos, farmacéutica, textil,  producción de plataformas de químicos y precursores, producción de biopolímeros, procesos de biodegradación y biorremediación de contaminantes ambientales, diseño de bioprocesos que den valor agregado a los recursos naturales, además del control de procesos y verificación de la calidad de productos, a partir del conocimiento específico de la biodiversidad y el potencial biotecnológico que ofrece la misma. Bajo este paraguas, en la actualidad se ejecutan proyectos financiados con enfoque en agricultura sostenible en el escenario de cambio climático para mejorar la sanidad y productividad de cultivos de interés agrícola y contribuir a la seguridad alimentaria, además se desarrollan productos y servicios para la protección y restauración del medio ambiente.

Las soluciones basadas en microorganismos incluyen  el desarrollo de biofertilizantes, biocontroladores y biopesticidas, bajo parámetros específicos para la colección de microorganismos, producción y formulación de bioinsumos, asegurando su eficacia mediante ensayos de validación en cultivos bajo un enfoque participativo con productores.